Получив контузию, в начале 1918 года вернулся на Дон для поправки здоровья, где его встретили печальные вести о зверствах большевиков (двоюродного брата Келина живьём закопали в землю). По всей Области Войска Донского шли восстания. Келин чувствовал себя не вполне здоровым и не стремился воевать, но дед поставил условие – либо отстаивать права казачества идёт Николай, либо он сам. Так началась для Николая Андреевича Гражданская война, которая закончилась для него бегством из Крыма. Дальше – эмиграция, греческий остров Лемнос, Константинополь, Чехия. В Чехии Николаю Келину посчастливилось стать участником «Русской акции» и получить специальность врача. Став обладателем «красного диплома», он тем не менее, долгое время не мог получить практики, потому что на документе об образовании стояла отметка о запрете работать врачом на территории Чехии – так власти пытались предотвратить конкуренцию со стороны эмигрантов. Через несколько лет Келину повезло – уходя в отпуск, один из чешских врачей оставил его замещать себя. Русский доктор за время отсутствия чешского вылечил нескольких больных, считавшихся безнадёжными. Слава о нём пошла по всей округе, нашёлся сочувствующий дворянин, который выхлопотал ему разрешение на работу, а потом и чешское гражданство.